Projektuojant ir eksploatuojant biodujų valymo įrenginį svarbu atkreipti dėmesį į šiuos keturis punktus:
Eksploatuojant biodujų valymo įrenginį susidaro vandens nuotekos, kurias būtina pašalinti ir išvalyti. Nors skystis cirkuliuoja uždaru ratu ir anglies dvideginis desorbuojamas, tačiau ilgesnio eksploatacijos periodo metu vanduo ne tik natūraliai pasensta, jame nedidele dalimi susidaro junginių, kurie desorbavimo būdu kurį naudoju nepasišalina, todėl būtina vandenį prieš išleidžiant į atvirus telkinius išvalyti valymo įrenginiuose.
Prie žemės apsaugos galima būtų priskirti ir kartu sujungti darbus baigus gamybą todėl, kad įrenginio eksploatacijos pabaigoje jis išardomas o susidariusio atliekos surūšiuojamos pagal atliekų kodus, jų atsiradimo priežastis, agregatinį būvį ir kita. Tokiu būdu surūšiuotos atliekos transportuojamos į jų nukenksminimo vietas ir taip užtikrinamas atliekų pašalinimas garantuojant, jog atliekos pasieks jų laidojimo ar perdirbimo vietas. Ši dokumentą pildo, vadovaujantis Lietuvos Respublikos aplinkos apsaugos departamento įstatymu sudaryta valstybinės statistinės ataskaitos forma 3 – “Atliekos”, kiekvienas juridinis ar fizinis asmuo ketinantis pašalinti atliekas.
Kalbant apie atmosferos taršą akivaizdu, kad šis biodujų valymo įrenginys skirtas atmosferos taršos mažinimui. Absorbavus iš biodujų anglies dvideginį sumažinama atmosferos tarša, kuri išsiskirtų deginant neišvalytas biodujas. Desorbuotas anglies dvideginis turėtų būti neišleidžiamas į atmosferą, o surenkamas ir panaudojamas tolesniem technologiniam tikslam arba panaudojamas kitose pramonės šakose kur šios dujos yra naudojamos.
Judančių, kontaktuojančių dalių, kurias reikėtų tepti ir prižiūrėti, kad tepimo skystis nepatektų į aplinką šiame įrenginyje nėra, todėl jis pakankamai saugu aplinkos užteršimo atžvilgiu.